Στην περίπτωση οποιασδήποτε διαταραχής του κύκλου, ο γυναικολόγος πρώτα απ’ όλα πρέπει να αποκλείσει την οργανική παθολογία. Ένας ακανόνιστος εμμηνορροϊκός κύκλος συχνά οφείλεται σε διάφορους πολύποδους του ενδομητρίου, σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών, φλεγμονώδη νόσο των πυελικών οργάνων, εξωμήτριο κύηση, ορμονικά ενεργούς όγκους, καρκίνο του τραχήλου της μήτρας κ.λπ., ή εκδηλώνει το σύνδρομο δυσλειτουργίας των ωοθηκών.

Μερικές φορές η αιτία των εμμηνορροϊκών ανωμαλιών μπορεί να είναι ασθένειες του θυρεοειδούς αδένα, των επινεφριδίων, του σακχαρώδους διαβήτη, των συστηματικών ασθενειών του αίματος, του ήπατος.